Komnaty drugiego piętra Zamku, wysokie i obszerne, służyły celom reprezentacyjnym. Tutaj odbywały się posiedzenia sejmu i senatu, królewskie audiencje i uroczystości weselne oraz bale. Po katastrofalnym pożarze w roku 1595 część skrzydła wschodniego oraz skrzydło północne renesansowego pałacu Jagiellonów zostały przebudowane w stylu wczesnego baroku. Prace te Zygmunt III zlecił architektowi Janowi Trevano. Konsekwentnie ta część pałacu posiada obecnie wyposażenie barokowe. W dalszej części na Drugim piętrze Zamku prezentowane są trofea i pamiątki związane z Janem III Sobieskim i wiktorią wiedeńską roku 1683 – zwłaszcza trzy cenne namioty tureckie z zespołu należącego do największych kolekcji wschodnich namiotów w Europie. 

Nowa ekspozycja stała, umieszczona w średniowiecznych wnętrzach gotyckich domów po północnej stronie Wawelu, poświęcona jest jego dziejom od utraty niepodległości Rzeczypospolitej w 1795 roku do czasów współczesnych. Opowiada o trudnym okresie porozbiorowym, kiedy to wzgórze przekształcono w austriacką cytadelę, wyburzono niektóre budowle średniowiecznego miasteczka wawelskiego, a niegdyś świetną rezydencję królewską zamieniono w koszary zaborczej armii. Dzieje odbudowy przybliżają dzieła sztuki, detale architektoniczne, broń, pamiątki z epoki, wielkoformatowe wydruki zdjęć i dokumentów archiwalnych, a także atrakcyjne multimedia i programy interaktywne.

Trasa „Zamek Staropolski po sezonie” łączy zwiedzanie z przewodnikiem trasy Witamy na zamku , prezentującej historię Pieskowej Skały  oraz indywidualne zwiedzanie wystawy „Kultura Staropolska” zlokalizowanej w salach parteru oraz w pomieszczeniu krypty i w kaplicy św. Michała. Zwiedzający mogą zapoznać się z kulturą polskiej szlachty i magnaterii oglądając unikalną Kodeńską Galerię rodowa Sapiehów, składającą się z 72 portretów, która opowiada o potędze, znaczeniu i koneksjach jednej z najważniejszych rodzin w Rzeczpospolitej. Pośród prezentowanych eksponatów znajdują się także jedwabne, złotolite pasy kontuszowe i jubilerskiej roboty guzy do zapinania żupanów i kontuszy oraz wiele innych przedmiotów świadczących o staropolskiej kulturze materialnej. W zamkowej krypcie eksponowane są cztery znakomite cynowe sarkofagi Sieniawskich z umieszczonymi na wiekach naturalnej wielkości figurami zmarłych. W kaplicy zaś uwagę przyciąga późnobarokowy ołtarz, którego dekorację rzeźbiarską stanowią muzykujące anioły.
Wystawa jest dostosowana do potrzeb osób niewidzących.

Trasa "Zamek od Piwnic po Dach I "(listopad -grudzień) obejmuje zwiedzanie  wnętrz z zaaranżowanymi w nich ekspozycjami stałymi. Z przewodnikiem zwiedzana jest trasa "Witamy na zamku"  prezentująca historię Pieskowej Skały oraz wystawa  "Europejskie Style i Mody w Sztuce" zaskakująca znakomitymi dziełami sztuki z okresu od Średniowiecza po wiek XX, a także wielością rekonstrukcji strojów z tych okresów. Zwiedzanie indywidualne obejmuje wystawę „Kultura Staropolska”, na którą składają się  cztery sale na parterze oraz Krypta i Kaplica. Prezentuje  ona kulturę intelektualną, duchową i materialną polskiej szlachty i arystokracji.